Die psychotherapeutische Arbeit mit schwer Traumatisierten ist ein komplexer  Prozess, da die Erfahrung von lebensbedrohlichen Ereignissen tief greifende Auswirkungen auf verschiedene Bereiche der Persönlichkeit hat. Es kommen auf die jeweiligen Bedürfnisse der bezeichneten Zielgruppen zugeschnittene Therapieformen zur Anwendung. Diese umfassen individuelle Gesprächstherapie unter Einbeziehung kognitiv- verhaltenstherapeutischer und psychoanalytischer Komponenten sowie feministische Therapieansätze. Des Weiteren werden sie bedarfsgerecht kombiniert mit imaginativen, körpertherapeutischen und ressourcenorientierten Verfahren.

Da die Einbeziehung des sozialen Umfeldes für die Stabilisierung und den Therapieerfolg der KlientInnen sehr wichtig ist, können je nach Bedarf auch familien-, oder paartherapeutische Sitzungen erforderlich sein. Dadurch können Strategien zur innerfamiliären Konfliktbearbeitung initiiert und die gegenseitige Akzeptanz der Beteiligten vor dem Hintergrund familiär durchlittener Traumatisierungsprozesse gestärkt werden.

Weiterhin besteht im zweiwöchentlichen Rhythmus ein gruppentherapeutisches Angebot für unbegleitete Minderjährige und ein lang etabliertes Kunsttherapieangebot der MFH, welches sich als weitgehend non- verbale, interkulturell besonders kompatible und kreative Methode in der bisherigen Arbeit ebenfalls als erfolgreich erwiesen hat. Die Arbeit mit unbegleiteten Minderjährigen findet auch in Form von individuellen Gesprächstherapien statt.

Das Therapiekonzept der MFH ist angelehnt an die Standards des Internationalen Rehabilitationsrates für Folterüberlebende (IRCT) für Traumatherapie, bei dem die MFH seit 2008 als eins von momentan drei deutschen Therapiezentren akkreditiert ist.

Das therapeutische Setting hängt von verschiedenen Faktoren ab, wie z.B. den sprachlichen Fähigkeiten der KlientInnen. Das psychosoziale Team bietet selbst verschiedene Sprachen an, wie derzeit Englisch, Französisch, Farsi (Persisch), Türkisch, Spanisch und Albanisch. Um weitere für die optimale Versorgung der KlientInnen erforderliche Sprachen abzudecken, verfügt die MFH über einen Pool von qualifizierten DolmetscherInnen.

Neben der direkten therapeutischen Arbeit mit den KlientInnen zählt die Erstellung psychologischer Gutachten, Stellungnahmen und Bescheinigungen für Behörden zur Durchsetzung des Asylgesuchs zu den wichtigen Aufgaben des psychotherapeutischen Teams. Gutachten werden in enger Absprache mit den jeweiligen RechtsanwältInnen der KlientInnen angefertigt. Die Erstellung der gutachterlichen Expertise erfolgt für Folterüberlebende auf der Basis des Istanbul-Protokolls, einem UN-Manual zur rechtlichen, medizinischen und psychologischen Begutachtung sowie gerichtsverwertbaren Dokumentation von Folterfolgen In 2008 beteiligte sich die MFH in Kooperation mit den Universitäten Erlangen und Wien an der Veröffentlichung der deutschen Übersetzung des Istanbul-Protokolls. Seit 2011 ist die MFH im Rahmen eines europäischen Verbundprojekts für die Erstellung von Lehrmaterialien zur Begutachtung sowie zur Verbreitung und Implementierung des Istanbul-Protokolls als gutachterlichem Standard in Deutschland zuständig.

Ziel der therapeutischen Arbeit ist neben der Stabilisierung des Lebensumfeldes der KlientInnen die Reduktion der psychosomatischen Traumasymptome zur Verbesserung der Lebensqualität. Im Falle einer ausreichenden formellen Stabilisierung des Lebenskontextes der KlientInnen kann dann eine sensible Aufarbeitung der eigentlichen Traumatisierung beginnen. Ziel dabei ist die schrittweise Integration des Traumas in die Biographie, die Planung neuer Lebensentwürfe und im letzten Schritt die Rehabilitation der KlientInnen.